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Eux, avec la technique PCR, ce qu’ils font, c’est détecter des séquences qui, en réalité,
sont en train de détecter nos propres virus endogènes. Et ces séquences ont été
introduites dans des bases de données, si de petites différences existent et qu’elles proviennent d’un autre groupe d’échantillons
d’autres personnes d’un autre pays, imaginez l’Afrique du Sud, et ils comparent ces échantillons entre
eux et voient qu’ils sont différents, par exemple de ceux d’Angleterre, alors là ils se disent : eh bien,
de nouvelles souches. Ils extrapolent que ces différences dans les séquences géniques qu’ils trouvent
entre des ensembles d’échantillons peuvent être imputées au fait que le virus a muté, mais ce n’est pas
réel. Que peut-on tirer de ces différences ?
Si nous voulons photocopier un livre, mais que nous n’utilisons pas tous le même livre, nous n’allons pas obtenir
la même copie. Partout dans le monde, chacun une photocopie, comme maintenant. En plus, si
tu utilises une photocopieuse très ancienne, tu peux avoir que 50 % ou plus de 50 % des
échantillons ne peuvent pas être lus quand ils trouvent une séquence complète. C’est extrêmement rare qu’elle atteigne
les 30 000 nucléotides, mais ensuite en plus ils partent du principe que ces nucléotides ne peuvent pas
être lus. Un des articles très intéressants disait que nous prenions près de 60 000 échantillons
et qu’au final ils terminaient en disant, bon, 700 valides.
Nous voyons deux gros problèmes. D’abord, que le nombre total d’échantillons qu’ils
ont est très faible, et ensuite la méthodologie qui n’est pas standardisée. Par conséquent, cette
différence dans la méthodologie fait déjà qu’il y ait des différences dans le séquençage.
Par conséquent, ici nous ne pouvons pas parler de souches, nous devons parler d’erreurs
dans la méthodologie de séquençage. Exactement.
Quand nous savons que la PCR détecte des séquences propres à ton génome. Les séquences
n’appartiennent pas au SARS, mais à notre propre génome. D’un autre côté, les échantillons sont très
peu nombreux et en plus la méthodologie de séquençage qu’ils ont est différente dans différents pays
et comme elle n’est pas standardisée, il y a des différences entre les échantillons.
Plus la machine est ancienne, plus la méthode est ancienne, plus nous avons d’erreurs
et plus ce que nous voulons lire est long aussi. Quand nous ne trouvons pas le virus
nous ne pouvons pas le faire croître dans aucune cellule humaine à titre de comparaison avec ce qu’ils croient que c’est.
ça semble l’être, ce qui constitue déjà un biais de recherche. Ou bien j’envoie à un laboratoire une séquence
et je dis : assemble-moi ça parce que je veux l’étudier, et ensuite ils te le renvoient assemblé.
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Original transcript (Spanish)
Ellos, como hacen es con la técnica PCR, detectan unas secuencias, que en realidad lo que están detectando son nuestros propios virus endógenos. Y esas secuencias se han metido en bases de datos, si hay pequeñas diferencias y son de otro grupo de muestras de otras personas de otro país, imaginaos Sudáfrica, y comparan esas muestras entre sí y ven que son diferentes, por ejemplo, de las de Inglaterra, pues ahí dicen, pues
nuevas cepas. Están extrapolando que estas diferencias en las secuencias génicas encuentran entre conjuntos de muestras, se pueden achacar a que el virus ha mutado, pero eso no es real. ¿Qué se puede de ver esas diferencias? Si queremos fotocopiar un libro, pero no todos utilizamos el mismo libro, no vamos a obtener la misma copia. A lo largo del mundo cada uno una fotocopia como de ahora. Encima, si
tú utilizas una fotocopiadora muy antigua, puedes tener que el 50% o más del 50% de las muestras no se pueden leer cuando encuentran una secuencia completa. Es rarísimo que llegue a los 30.000 nucleótidos, pero es que luego encima asumen que esos nucleótidos no se pueden leer. Uno de los papers muy interesantes que decía que cogíamos casi 60.000 muestras y al final terminaban como diciendo, bueno, válidas 700.
Estamos viendo dos problemas grandes. Primero, que el número de muestras totales que ellos tienen son muy pocas y luego la metodología que no está estandarizada. Por lo tanto, esa diferencia en la metodología ya te está haciendo que haya diferencias en la secuenciación. Por tanto, aquí no podemos estar hablando de cepas, debemos estar hablando de errores en la metodología de secuenciación. Exacto.
Cuando sabemos que la PCR está detectando secuencias propias de tu genoma. Las secuencias no pertenecen al SARS, sino a nuestro propio genoma. Por otro lado, las muestras son muy pocas y luego encima la metodología de secuenciación que tienen es diferente en diferentes países y como no está estandarizada, pues hay diferencias entre las muestras. Cuanto más antigua la máquina es, el método más antiguo es, más errores vamos teniendo
y cuanto más largo es lo que nosotros queremos leer también. Cuando no encontramos el virus no lo podemos hacer crecer en ninguna célula humana comparativa con lo que creen que se parece, con lo cual ya es un sesgo de investigación. O bien, mando a un laboratorio una secuencia y digo, montame esto porque lo quiero estudiar y entonces te lo devuelven montado.
